Para asegurar la congruencia de los objetivos del centro y del programa de posgrado se han establecido tres líneas de investigación principales que son pilar en el desarrollo del centro y de la región: Biotecnología Agrícola (BA), Cultivo de Organismos Acuícolas de Importancia Comercial (COAIM), y Manejo y Conservación de Recursos Naturales (MCRN). Estas tres LGAC son congruentes con la orientación y naturaleza del Posgrado.
En esta línea se desarrollan proyectos de investigación para estudiar enfermedades emergentes en cultivos de importancia económica, aprovechamiento de microorganismos con dos vertientes principales, el estudio y aprovechamiento de las relaciones benéficas microorganismo-planta; y la identificación y aprovechamiento de poblaciones entomopatógenas o de principios activos para el control biológico, generación de cultivos con resistencia a estrés abiótico y biótico (plagas y enfermedades); así como el diseño de nuevas variedades en cultivos con características deseables para la región; generar un mayor valor agregado para los productos agrícolas que finalmente mejoran la rentabilidad de esta actividad para utilizarlos como alimentos funcionales, o como fuentes alternas de energía.
Se desarrollan tecnologías para la producción y optimización de cultivo de especies acuáticas con potencial comercial, se realizan estudios en patología, inmunología, ecofisiología, reproducción de organismos acuáticos; nutrición y biotecnología de insumos de origen marino y terrestre.
Se desarrollan proyectos de investigación enfocados en el manejo de los recursos naturales, desarrollo sostenible, conservación de la vida silvestre, alimentos sustentables en acuacultura, impacto ambiental, cambio climático,biogeoquímica y percepción remota.
