El programa de Maestría en Recursos Naturales y medio Ambiente inició sus actividades en agosto del 2000, ingresó al Programa Nacional de Posgrado de Calidad (PNPC/CONACYT) en desarrollo en 2008, y actualmente es un programa consolidado, alcanzando uno de los objetivos del CIIDIR-IPN U. Sinaloa, que es la formación de recursos humanos de alto nivel que atienda con calidad los requerimientos de los sectores productivo y social, con la finalidad de contribuir al desarrollo integral y sostenible de los recursos de la región. Esta maestría contribuye en el logro de la visión institucional del IPN, generando y difundiendo un conocimiento de calidad, el cual es adquirido por los alumnos egresados, lo que hace que se contribuya al desarrollo regional y del país en general. La visión del centro es “Ser líder en investigación de vanguardia y estudios de posgrado de excelencia. Ser reconocido como una institución responsable, comprometida y confiable, que impacte en el desarrollo regional sostenible a través de la interdisciplinariedad, certificación de los procesos y aplicación del conocimiento científico, con la infraestructura y el personal requeridos para el logro de la misión institucional. Consolidar los valores de calidad, ética, innovación, orden, cooperación, pertinencia y trabajo colaborativo”.​​