El CIIDIR-Sinaloa fue formalmente inaugurado el 24 de junio del 1997 por el entonces Presidente de la República Dr. Ernesto Zedillo Ponce de León. Sin embargo, El primer paso en la concepción del CIIDIR Sinaloa se dio en 1993, con la firma de un convenio de colaboración entre el Instituto Politécnico Nacional y el H. Ayuntamiento de Guasave celebrado ante la presencia del Director General del IPN, el C.P. Oscar Joffre Velázquez, el Presidente Municipal Lic. Alberto López Vargas y representantes de los sectores productivos, de gobierno e instituciones educativas de la región. Esto puso de manifiesto, desde entonces, la naturaleza interactiva que un Centro como el CIIDIR Sinaloa debe mantener entre los sectores académicos, productivos, gubernamentales y educativos.

Los argumentos principales para la creación del CIIDIR Sinaloa fueron, por un lado, la necesidad de llevar a cabo investigación básica y aplicada, y desarrollo tecnológico capaz de brindar apoyo a las actividades productivas de la región, y por otro lado, en el reto de desarrollar y brindar alternativas de manejo sostenible para tales actividades productivas.

Derivado de esto, el CIIDIR Sinaloa, desde su origen, ha funcionado con tres departamentos académicos y de investigación, el departamento de medio ambiente, el departamento de acuacultura y el departamento agropecuario, recientemente renombrado como biotecnología agrícola.

La primera dirección del CIIDIR Sinaloa estuvo a cargo de la Dra. Norma Patricia Muñoz Sevilla (1997-2003), quien es considerada la Directora fundadora del Centro. Posteriormente han fungido como directores el Dr. Adolfo Dagoberto Armenta Bojórquez (2003-2005), el M. en C. Santiago Reyes Herrera (2005-2007), Dr. Jesús Méndez Lozano (2007-2010), Dr. Jorge Montiel Montoya (2010-2013), Dra. Diana Cecilia Escobedo Urias (2013-2016), Dr. Héctor Manuel Esparza Leal​​ (2016-2020), Dr. Juan Carlos Sainz Hernández (2020-2024), Actualmente el director del CIIDIR Sinaloa es el Dr. Héctor Abelardo González Ocampo​ quien asumió el cargo en febrero del 2024.