CIIDIR-Sinaloa cuenta con infraestructura para desarrollar las actividades de Investigación y posgrado contado con los siguientes espacios:

* Edificio principal:
Lab. de análisis de aguas
Aula de clases
Aula de cómputo
Áreas administrativas
Cubiculos

Almacen

* Edificio de Acuacultura:
Laboratorio Húmedo

Laboratorio de Fisiología
Laboratorio de Crustáceos

Laboratorio de Bioensayos

Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular
Patio de Cultivo

Invernadero de Cultivo

Sistema de producción semi-intensiva

Área de cómputo

* Casa Estancia:
Aula de videoconferencias
2 habitaciones

* Edificio de Biotecnología Agricola
Lab. de bioinsecticidas
Lab. de bioenergéticos   
Lab. de nutrición vegetal   
Lab. de nematodos  
Lab. de alimentos funcionales   
Lab. de interacción microorganismo planta
Lab. de fitomejoramiento molecular   
Lab. de genómica funcional   
Lab. de biología molecular  
Lab. de virología  
Lab. de ecología molecular de la rizosfera  
Lab. de equipos especiales  
4 laboratorios de servicio externo
Lab. de enseñanza
Aula de usos multiples
Área de bioestadisticas
Área de microarreglos
Área de secuencias
Cuarto oscuro
2 cuartos frios
Cuarto para camaras de crecimiento
Cuarto de campanas de flujo laminar
Invernaderos
Biblioteca
Auditorio para 130 personas
Cafetería
Sala de juntas
36 cubiculos para investigadores y docentes