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​CIIDIR-Sinaloa participa en varias redes de intercambio académico como:​

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Departamento de Acuacultura:

Actualmente se trabaja en colaboración con la Universidad Autónoma de Baja California, Universidad Autónoma de Baja California Sur y Alf Meling, de la Universidad de Sonora en la Red de Investigación en el Golfo de California sobre Macrofítas.
 
Como resultado de los trabajos realizados en dicha Red se tiene la edición de un capítulo en el libro “Bahía de Los Ángeles: recursos naturales y comunidad. Línea base 2005”, que será publicado por el Instituto Nacional de Ecología y PRONATURA Noroeste.
 
El departamento también colabora con el grupo de investigación sobre Lagunas Costeras del IPN en el que interviene personal del CIIDIR-IPN Sinaloa y CICIMAR-IPN.
Por otra parte se está colaborando con un grupo de investigadores de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos y otro grupo del Instituto Tecnológico de Tepic.
 
Departamento de Biotecnología Agrícola:

- Biored
- Red de Biotecnología del Estado de Sinaloa
- Red de Enfermedades de Papa
 
Departamento de Medio Ambiente:

- Dentro del IPN: Grupo Lagunas Costeras del IPN. CIIDIR y CICIMAR.
- Fuera del IPN: RIMIRCOM (Red Interinstitucional de Menajo de Recursos Costeros y Marinos del Mar de Cortés).
- Coalición para la Sustentabilidad del Golfo de California
- Red Nacional de Manejo Integrado de Zonas Costeras
- Red Costera (Colombia), Ocean Expert.
- The Global Directory of Marine and Fresh Water Professionals
 
Por consolidar:
CIIDIR-IPN Unidad Sinaloa, CICIMAR, UNISON (DICTUS), CIAD-Mazatlán, ICMyL-UNAM Unidad Mazatlán, UAS (Escuela de Biología, PUPMA), Universidad de Occidente (Unidad Los Mochis), ITLM.

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